范汪虽然高傲，真要认可一件事，做起来也是很用心的。不过数功夫，他就开始召集书院的老师们一起编纂书院的教材。为了使教材更加权威，他还写信给不少精于儒学的名士，邀请他们来为儒家的经典做注。刘牢之相信，在这些学者相互交流激辩的过程中，一定能相互提高，也可以为学院提供更好的学术氛围。
刘牢之自然是没有能力去编纂教材的，他除了吩咐校监焦暖好好为编纂教材的先生们做好后勤保障，还开始完善学校的各项规章制度，尤其是针对学子入学和毕业的。
以往南山书院的大门是对所有人敞开的，不管是谁，只要有一定的学识基础，都可以入书院学习；学生如果想要离开，书院也不会挽留。顶多是有些学子学业优秀，为老师青睐，引为“入墙弟子”而已。这样一来，学校固然可以营造出自由的学术气氛，但是管理起来也很是麻烦。
刘牢之建立南山书院，最主要的目的还是为了让刘家子弟学校毕业的优秀学生，有一个学习深造之处。前几年，刘家的子弟学校没有什么毕业生，可以由着范汪等饶子，在这里按照时下的惯例教学。现在刘家在各处开办的学校，每年都可以提供不少优秀的毕业生，自然不再需要吸引外来的读书人来装门面。那些慕名而来的读书人，看中的往往是范汪这个山长的名气，对于为他们提供学习环境的书院，很少有人心存感激，所以刘牢之决定改变这个现状。
于是短短两个月的时间，南山书院便经由校监陆续颁布了《学籍管理办法》，《考试管理条例》，《学生管理条例》等等一系列加强学生管理的规章制度。
按照《学籍管理办法》，书院要求所有在读学生必须全部登记学籍。每门课程都有一定数量的“学分”，课程结束之后，老师会组织考试，对学生进行考核。只有考核合格的学生才可以获得该门考试的学分。书院的学生从入学到毕业，正规的就读时间是四年，特殊况可以延长两年。六年内不能毕业的学生，开除学籍。
南山书院每年分秋两次招生，每次招收的名额为八十人。除了由书院正式招收的学生，书院里的老师每年可以接纳二十名游学的学子。这些外来的学子，需要有书院认可的人推荐，也要有书院的老师同意接收，相当于“保送生”。
按照《考试管理条例》，每门课程的考试，由任课教师组织考试。学校的招生、毕业考试，则是由书院组织人手命题。每次考试，按照成绩排名，都必须有一定比例的优秀和不合格者，用来鞭策学生努力学习。不管是什么形式的考试，考试的范围都是明确的，而南山书院限定的入学考试范围，就是刘家子弟学校里的教材……
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